上海农科院畜牧兽医所是国家级社会公益性畜牧兽医综合科技创新研究机构，以畜禽和牧草为主要研究对象，以资源研究和品种培育为基础，以生物技术为手段，以营养与饲养技术研究为保障，以生产优质安全畜禽产品为目标，主要从事家畜家禽健康养殖、遗传育种、疫病防治诊断技术、兽用生物制品研发等方面的研究工作。
上海农科院畜牧兽医所下设动物营养研究室、动物遗传育种研究室、动物生物制品研发中心、动物基因工程研究室及动物疫病预防研究室五个研究室（中心）；《上海畜牧兽医通讯》、《国外畜牧学——猪与禽》编辑部两个专业期刊编辑部；上海佳牧兽用生物制品有限公司、上海申丰畜牧兽医科技有限公司两个成果转化实体；上海白猪种猪场、黄羽肉鸡种鸡场及白山羊种羊场三个科研、实验基地。